# SeqKit MCP Server

**Repository Path**: B3000Kcn/mcp-server-seqkit

## Basic Information

- **Project Name**: SeqKit MCP Server
- **Description**: 一款能够使用 SeqKit 的基本功能的 MCP Server。
- **Primary Language**: Python
- **License**: Apache-2.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 1
- **Forks**: 0
- **Created**: 2025-03-27
- **Last Updated**: 2025-03-27

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: MCP

## README

# SeqKit MCP 服务器

这是一个基于 [SeqKit](https://bioinf.shenwei.me/seqkit/) 生物序列分析工具的 MCP (Model Context Protocol) 服务器，使您可以在**支持 MCP 的客户端** (MCP Client) 或其他 AI 助手中直接使用 SeqKit 的功能。

**请注意**: 这是一个由社区开发的非官方 MCP 服务器，用于将 Seqkit 功能集成到支持 MCP 的平台（例如 Cursor、Cherry Studio）。本项目与 SeqKit 的原作者、Anthropic (MCP 协议的制定者) 没有官方关联。

## 安装和配置

### 1. 下载 SeqKit

从 [SeqKit releases](https://github.com/shenwei356/seqkit/releases) 下载适合您系统的 SeqKit 可执行文件，并将其放置在与本项目相同的目录中。

对于 Windows 用户，下载 `seqkit_windows_amd64.exe.gz`，解压后重命名为 `seqkit.exe`。

### 2. 安装 Python 依赖

```bash
pip install mcp
```

### 3. 配置你的 MCP 客户端

参考 `client_config.json` 和 `mcp-server-seqkit.json`，选择合适的形式。

## 使用方法

服务器提供以下功能：

1. **统计序列信息** (`seqkit://stats`)
   - 分析序列长度、GC 含量等基本统计信息

2. **获取序列** (`seqkit://seq`)
   - 提取、反向、互补或删除间隙等序列操作

3. **查找序列** (`seqkit://grep`)
   - 基于模式搜索序列

4. **转换序列格式** (`seqkit://convert`)
   - 在不同生物序列格式之间转换

5. **翻译核酸序列** (`seqkit://translate`)
   - 将 DNA/RNA 序列翻译为蛋白质序列

## 示例

使用自然语言提出需求：

1. 获取序列统计信息：

   统计这个fasta文件的信息：
   C:\example\example.fasta

2. 查询序列片段：

   C:\example\example.fasta
   在这个文件里找到这段序列片段：
   CGTAGCTAGCTAGCTAGCT
   告诉我它在哪个序列里

3. DNA 序列翻译为蛋白质序列：

   C:\example\example.fasta
   把这个DNA序列翻译成蛋白序列，保存为
   C:\example\example_protein.fasta

## 故障排除

- 如果遇到连接问题，请检查 `logs/seqkit_mcp_debug.log` 文件以获取详细的错误信息
- 确保文件路径使用正确的格式，Windows 系统建议使用正斜杠 (`/`) 而不是反斜杠来避免转义问题

## 许可证 (License)

Copyright 2025 Background Incandescent

本项目基于 [Apache License 2.0](LICENSE) 发布。您可以查看项目根目录下的 `LICENSE` 文件获取完整许可证文本。

Seqkit 是由 Wei Shen 开发的开源工具，遵循 MIT 许可证。使用时请遵循其许可条款。