# huaweicloud-solution-build-gene-sequencing-environment

**Repository Path**: HuaweiCloudDeveloper/huaweicloud-solution-build-gene-sequencing-environment

## Basic Information

- **Project Name**: huaweicloud-solution-build-gene-sequencing-environment
- **Description**: 快速帮助用户在云上搭建基因测序HPC环境

- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Apache-2.0
- **Default Branch**: master-dev
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 3
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-05-11
- **Last Updated**: 2023-01-17

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

[TOC]

**解决方案介绍**
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该解决方案基于开源软件Slurm构建，快速帮助用户在华为云弹性云服务器上完成基因测序HPC环境的部署。Slurm 是一个开源、容错和高度可扩展的集群管理和作业调度系统。适用于如下场景：

- 基因测序。
- 数据管理。
- 集群调度。

解决方案实践详情页面地址：https://www.huaweicloud.com/solution/implementations/build-gene-sequencing-environment.html

**架构图**
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![方案架构](https://documentation-samples.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/solution-as-code-publicbucket/solution-as-code-moudle/build-gene-sequencing-environment/readme/build-gene-sequencing-enviroment.png)

**架构描述**
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该解决方案会部署如下资源：
1. 创建弹性云服务器，自动部署HPC开源调度软件Slurm，提供基因测序HPC环境。
2. 创建弹性服务共享文件，为基因测序HPC环境提供共享文件存储服务。
3. 安全组可以保护弹性云服务器的网络安全，通过配置安全组规则，限定云服务器的访问端口。
4. 弹性云服务器管理节点绑定弹性公网IP，用于用户访问基因测序HPC环境。

**组织结构**
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``` lua
huaweicloud-solution-build-gene-sequencing-enviroment
├── build-gene-sequencing-enviroment.tf.json -- 资源编排模板
├── userdata
    ├── configure-munge-slurm.sh  -- 脚本配置文件
```
**开始使用**
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1、重置密码

登录[华为云服务器控制台](https://console.huaweicloud.com/ecm/?agencyId=084d9251a8bf46ef9c4d7c408f8b21e8&region=cn-north-4&locale=zh-cn#/ecs/manager/vmList)，区域选择“北京四”，参考官网[重置弹性云服务器密码](https://support.huaweicloud.com/usermanual-ecs/zh-cn_topic_0067909751.html)，修改弹性云服务器初始化密码。

图1 重置密码

![重置密码](
https://documentation-samples.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/solution-as-code-publicbucket/solution-as-code-moudle/build-gene-sequencing-environment/readme/readme-iamge-001.png)

2、安装业务软件

登录弹性云服务，安装业务需要的软件到共享文件目录/hpc下面。

3、启动集群服务环境

每次调度节点服务器重启后，需登录调度节点云服务器（名称以gene-00结尾），输入用户名root以及密码进入云服务器。输入以下命令：

[root@gene-hpc-gene-00 ~]# slurmctld -c

[root@gene-hpc-gene-00 ~]# sinfo

图2 启动集群服务

![启动集群服务](https://documentation-samples.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/solution-as-code-publicbucket/solution-as-code-moudle/build-gene-sequencing-environment/readme/readme-iamge-002.png)

图3 Slurm配置成功

![Slurm配置成功](https://documentation-samples.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/solution-as-code-publicbucket/solution-as-code-moudle/build-gene-sequencing-environment/readme/readme-iamge-003.png)

4、业务软件安装配置成功后即可正常使用。