# GEN_expression

**Repository Path**: KennethYang/gen_expression

## Basic Information

- **Project Name**: GEN_expression
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: main
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2025-01-17
- **Last Updated**: 2025-03-08

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

## 环境依赖
我们通过`Anaconda`配置环境，创建一个新的环境用于本工程
```
conda create -n cell 'scanpy' requests
```

## 准备数据
将待分析的数据放入`data/`文件夹下，每组数据一个单独的文件夹，包括`barcodes.tsv.gz`，`features.tsv.gz`和`matrix.mtx.gz`文件。


## 使用
1. 首先启用环境
```
conda activate cell
```

2. 设置需要分析的基因名，修改`all.py`第6行和`plot.py`第5行的`GEN`变量，如修改为
```
GEN = "SIRT4"
```
表示检测SIRT4的表达

3. 运行数据处理程序
```
python all.py
```
会得到每组的目标基因表达情况，以及最终的汇总文件，位于`write/GEN_expression_summary.csv`

4. 运行画图程序
```
python plot.py
```
会得到汇总的表达情况小提琴图