# benchmark

**Repository Path**: chen-junfa/benchmark

## Basic Information

- **Project Name**: benchmark
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2026-06-16
- **Last Updated**: 2026-06-16

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Physio Manifest

本工程将 EEG 与 PPG 原始公开数据集转换为统一、可追溯、可审计的 `manifest.jsonl`。
当前阶段不生成自然语言 QA，也不重采样或归一化原始信号。

## 数据流

```text
原始数据 -> 数据集适配器 -> 任务视图样本 -> 试运行或全量 manifest
         -> 结构与模板校验 -> stats.json/stats.md -> sample_check.md
```

原始标注事实由解析器读取；切窗、类别映射、阈值分类、质量判断等非真值结果由
`generation/rules/` 中的普通规则函数生成，并将规则版本写入 manifest。尚未确认的规则只在
代码内使用 `TODO` 标记，生成结果仍按当前规则正常处理。

## 支持的数据集

- CHB-MIT
- Siena Scalp EEG
- BIDMC-PPG
- PPG-DaLiA
- Pulse-Transit-Time-PPG

## 安装

Python 版本要求为 3.12 或更高。

```bash
# 用户安装
python -m pip install .

# 开发安装
python3.12 -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install -e ".[dev]"
```

开发安装会注册正式命令行入口，并安装 Ruff 与 Pyright。项目不依赖 `PYTHONPATH`、
`sys.path` 注入或直接执行源码文件。

## 快速使用

```bash
physio-manifest list
physio-manifest inspect --dataset chbmit
physio-manifest build --dataset chbmit --limit 1000 --registry /absolute/path/to/QA模板.xlsx
physio-manifest-check deliverables/chbmit/pilot_manifest.jsonl --registry /absolute/path/to/QA模板.xlsx
physio-manifest-stats deliverables/chbmit/pilot_manifest.jsonl
```

默认路径位于 `src/physio_manifest/config.py`，命令行可通过 `--root` 覆盖。
完整命令语义、输出文件和推荐操作顺序见 [使用指南](docs/usage.md)。

## 开发验证

```bash
ruff check src tests
pyright src tests
python -m unittest discover -s tests -v
```

开发约定见 [开发指南](docs/development.md)，模块职责和依赖方向见
[架构说明](docs/architecture.md)。

## 目录说明

- `src/physio_manifest/parsing/`：解析原始事实。
- `src/physio_manifest/generation/`：生成统一 manifest 样本。
- `src/physio_manifest/statistics/`：流式统计 manifest。
- `src/physio_manifest/checking/`：校验并生成人工检查清单。
- `src/physio_manifest/models/`：跨阶段共享数据结构。
- `src/physio_manifest/workflows/`：编排四阶段流程。
- `src/physio_manifest/cli/`：安装后生成的正式命令行入口。
- `tests/`：核心契约与规则测试。
- `docs/`：数据集和映射说明。
- `deliverables/`：生成的 manifest 与报告。

解析器和生成器中的五个数据集模块均为平级关系。原始标注事实与派生规则严格分离。