# relion

**Repository Path**: cui-rongpei/relion

## Basic Information

- **Project Name**: relion
- **Description**: 第三届中科院先导杯relion赛题移植与优化
- **Primary Language**: C
- **License**: GPL-2.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 1
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-06-25
- **Last Updated**: 2025-08-22

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

* # Relion-hip

  ​		此项目也正是今年第三届中科院先导杯的一道赛题。赛题要求移植出Relion冷冻电镜软件对应的Hip版本以便能在曙光智算平台的加速卡上运行。
  ​		目前Relion软件仅支持cuda加速，需要我们自己进行移植。谈起移植，就想起去年搞cp2k赛题移植时的痛苦。由于去年国内hip生态还不健全，相关的资料少之又少，对移植也是没有头脑，但今年开始，曙光也推出了光合开发者社区https://developer.hpccube.com/tool/  ，里面有着非常健全的资料和文档可供大家学习。
  ​		一般来说，CUDA到DCU代码移植过程一般包括四个步骤：

### 1、转码

​		转码方面有自动转码工具hipify-perl，可以实现将cuda代码转换成Hip代码，避免一些机械重复的代码修改工作。
​	
​			其中疑似CUDA或CUDA库函数但未转换的代码以warning形式给出，未转换的原因，可能是该API或库函数目前在HIP中没有对应的版本，也可能是该处实际非CUDA API或CUDA库函数。这些warning需要人工查看，对于确实为CUDA API或CUDA库函数但目前HIP不支持的情况，需要对程序进行修改。	

### 2、编译构建系统修改  
​		需要理清编译流程，找到编译cuda代码部分并修改CMakeLists.txt Makefile里的相关编译参数与编译选项。对于小白来说一开始很难直接从复杂的项目中直接定位到全部编译cuda代码的部分。
​		最直接的办法就是找一台支持CUDA的机器，在其上编译安装CUDA版的Relion,在最后make编译安装时加上 make VERBOSE=1 2>&1 | tee log.txt，使其输出详细命令然后仔细查找比对编译cuda代码部分。
​	
### 3、编译调试
​		这一阶段一般要根据具体的报错命令进行排查。这里贴出几个我遇到过的问题
​	
#### 1、hiprand没有声明的问题
在代码中加入
#define __HIP_PLATFORM_HCC__
#### 2、hip不支持纹理内存
vim src/acc/acc_projector_impl.h 加入如下（取消纹理内存）
#define PROJECTOR_NO_TEXTURES 
#### 3、error: no matching function for call to 'min'
主要因为默认使用c++的头文件导致冲突
命令行输入 unset CPLUS_INCLUDE_PATH
#### 4、关于sincos的报错
应该是sincos这个函数，hip没有重载单精度的sincos，我是改了，float的用sincosf，double的用sincos
#### 5、关于cub的报错
	此处主要是AMD和NVIDIA汇编底层寄存器的位数不一样，可以对着改成AMD的可能会提高速度。
	此处为了方便，直接用hipcub。
	因为relion代码用的是自己写的cub，将src/acc/cuda下的cub文件夹删除或者重命名然后将将代码中所有关于#include"cub"的删除。
	#include<hipcub/hipcub.hpp>,并在CMakeLists.txt中加入hipcub的路径（hipcub/hipcub.hpp的上一层目录路径）
### 4、运行测试

## 编译安装步骤

以下操作基于曙光智算平台

切换到relion目录，加载所需的环境变量

```
source module.sh
```

执行relion-dcu-install.sh,预计装入build下完成后设置环境变量

```
source relion-dcu-install.sh
```

完成后设置环境变量

```
export PATH=~/relion/build/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=~/relion/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
```

申请计算节点

```
source relion-test/salloc.sh
```

运行算例

```
参见赛方提供的《relion算例运行与方法验证》
```




​