Torrens, L., Moody, S., de Carvalho, A.C. et al. The complexity of tobacco smoke-induced mutagenesis in head and neck cancer. Nat Genet 57, 884–896 (2025). https://doi.org/10.1038/s41588-025-02134-0
Code and software created for analyses are available at GitHub (https://github.com/nangalialab/CML).
ShatterSeek 是一个 R 包，它提供从下一代测序 (NGS) 数据中检测染色体碎裂事件的实用程序。它以使用用户首选方法计算的拷贝数 (CN) 和结构变异 (SV) 调用作为输入。因此，它几乎与任何 CN 和 SV 调用程序兼容。
用于生成 Maxima 中正在进行的结构变异项目结果的工具包。此 repo 包含从 DELLY、Manta 和 GRIDSS 推断一致体细胞结构变异 (SV) 的代码，以及注释这些变异的代码。此外，请参阅实用程序和分析，了解支持我们最新手稿结果的脚本。
