# igv_web_cn

**Repository Path**: try-quiet/igv_web_cn

## Basic Information

- **Project Name**: igv_web_cn
- **Description**: 基于igv-webapp.1.12.5，下载部分hg19资源及外网的js至本地，加快运行速度
- **Primary Language**: Python
- **License**: Not specified
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-11-29
- **Last Updated**: 2022-12-03

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# igv_web_cn

#### 介绍
基于igv-webapp.1.12.5，下载部分hg19资源及外网的js至本地，加快运行速度

#### 软件架构
软件架构说明


#### 安装教程

1.  安装twisted
```
pip install twisted
```
2.  下载所需hg19人类参考基因组文件(由于此文件较大，我没有保存)
```
cd resources/down_data
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/hg19.fasta
wget https://s3.amazonaws.com/igv.broadinstitute.org/genomes/seq/hg19/hg19.fasta.fai

#其它几个文件下载来源 见 resources/down_data/downland.sh
```

#### 使用说明

1.运行
```
python igv-webapp.1.12.5/run.py --path  x.bam y.vcf z.bam  --name x y z
#注意 bam 需要有bam.bai,在同一目录中
```
2.此时，命令行阻塞，网页访问服务器9999端口，可以看见igv页面，例如 192.168.1.91:9999

3.注意：此脚本基于linux修改，windows未实测，可能有路径问题。需要开启端口9999

4.igv实际支持导入的文件格式很多，但由于其在json的格式略有差别，后续看情况补充，暂时只支持bam与vcf的导入
见https://github.com/igvteam/igv.js/wiki/Mutation-Track

#### 这个脚本做了什么

这个脚本实际只是在无root条件下，对igvweb的一个包装，详细可见
https://www.jianshu.com/p/25c55a1340ed

#### 官方地址
```
https://github.com/igvteam/igv-webapp.git
```
由于本人对git不熟，github时常访问不上，因此将官方开源项目克隆至此，希望不会有啥版权问题