# mRNA_II

**Repository Path**: wang567/mRNA_II

## Basic Information

- **Project Name**: mRNA_II
- **Description**: Kaggle竞赛：新冠mRNA疫苗降解预测
- **Primary Language**: Python
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 2
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-04-09
- **Last Updated**: 2025-04-07

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: mRNA疫苗, 图神经网络, GNN

## README

# mRNA_II (mRNA 2.0)

#### 介绍
Kaggle competition: COVID-19 mRNA Vaccine Degradation Prediction

Kaggle竞赛：新冠mRNA疫苗降解预测

#### 模型架构
- checkpoints: 保存模型训练权重的文件夹；已保存训练好的权重，使用者可自行训练保存
- data: 包含数据预处理的类和函数
- dataset: 保存的是数据集；训练集和验证集有真实标签，但测试集没有
- layers: 包含三种模型的layer定义：GCN、GAT、GatedGCN
- log: 保存log信息的文件夹；已保存训练过的信息，保存时文件名称会命名为当前时间
- nets: 包含三种模型的net定义：GCN、GAT、GatedGCN
- plat: 包含各种画图函数和类，可以对原数据画图展示
- test: 包含测试文件，通过读取checkpoints中保存的训练权重，对测试集中数据进行测试
- train: 包含训练函数和评价指标函数
- Config.py: 模型的参数设置文件
- main.py: 主函数



#### 使用准备
- dgl>=0.4.2
1. Anaconda （版本最好不要太旧）
2. torch==1.6.0; torch_vision==0.7.0 及相关的包 （或者更高版本，可自行调试）
4. logging; pandas; spicy; networkx （版本自行调试）
5. 其他相关的包，可自行调试判断

#### 使用说明
- 本代码仅供学习和学术研究下载
1. 安装指定的包
2. 克隆后将文件夹变为Sources Root类型
3. 使用Config.py对模型进行设置
4. 运行main.py，调试并训练
5. 使用plat文件中的函数对训练过程进行查看
6. 使用test文件中的read_checkpoint.py对训练效果查看

#### 最优参数

- 模型名称: `GatedGCN`
- 使用碱基对: `True`
- 使用密码子: `True`
- 使用循环类型: `True`
- 使用位置编码: `False`   位置编码维度: `8`
- init_lr: `0.001`    weight_decay: `0.0001`
- num_epoch: `100`    batch_size: `16`
- 使用损失函数类型: `MCRMSE`

<img src="plat/best_model.png" width="500" height="400" alt="最优参数训练和验证损失变化"/><br/>

#### 参与贡献

Wang567